來自異次元的種族MU佔領了東京，並將城市隱藏在巨大的防護壁之後，他們欺騙在東京生活的人們他們已經成為世界上僅存的人類。在防護壁之外，名為“TERRA”的反MU組織聲勢漸漸壯大。某日，在同MU激烈交火之時，一位名為神名綾人（下野紘 配音）的平凡少年意外的來到了位於東京灣的地下神殿之中，在這裡，綾人見到了巨型機器人“Rahxephon”，並且成為了它的駕駛者。
　　在神秘女子的紫東遙（久川綾 配音）的帶領下，綾人來到了防護壁之外，加入了TERRA，並且在那裡遇見了名為如月久遠（桑島法子 配音）的女子。MU組織對TERRA發起了進攻，當TERRA的存亡陷入危機之中時，綾人再一次駕駛著Rahxephon，成為了這個組織的救世主。