《餅乾警長》故事發生在一個神奇的食品王國，王國里居住著各種各樣的餅乾人，他們單純而善良，快樂地生活著，不按常理出牌的餅乾警長與慢性子助手曲奇警員是王國的守護者，他們與妄圖奪取王國統治權的黴臉大盜一夥鬥爭到底，在餅乾城裡展開了一系列有趣的警匪故事。